Situé sur le dernier bord de la Murgia du sud-est des Pouilles (394 m d'altitude), il fait face au sud-ouest sur la vallée d'Itria parsemée de trulli. Le nom dérive de "Cis-Sturninum", à côté de Sturni, un ancien centre apulien près d'Ostuni qui avait pris le nom de Sturno, compagnon du héros homérique Diomède, qui survécut à la guerre de Troie. La première information historique (1107) sur Cisternino provient de la donation de la comtesse Sichelgaita, veuve du comte Goffridus, "fait un don à l'église et au monastère de S. Maria Antica de Brindisi, pour l'âme de son mari et de son fils, ainsi que pour sa santé et celle de son autre fils Tanchredus ", les villages de Tuturano et Valerano et d'autres propriétés, dont la "Lama di Cisternino". La nouvelle, dans un document ancien, de la présence de Cisternino au Moyen Âge, même si nous ne parlons ici que de lama (vallée karstique) mais du fait qu'il avait un nom, suggère qu'il y avait un établissement humain ou, plus probablement, une ferme.
La première preuve archéologique sur la Casale di Cisternino est donnée par la découverte, sous l'église romane de S. Nicola, des restes d'un petit temple chrétien, construit de façon réaliste autour de l'an 1000. Le pape Alexandre III, avec une bulle papale de 26 février 1180, attribua cette église et le Casale di Cisternino à l'évêque de Monopoli. L'église mère actuelle fut construite sur les vestiges de l'ancienne église de S. Nicolas di Pàtara, au 14ème siècle. La tour, au sommet de laquelle se dresse la statue de Saint Nicolas, constitue l'entrée principale de Cisternino. S'élevant sur le Colle delle Forche, selon une tradition ancienne, la tour remonte à l'époque romaine, construite par l'empereur Claudius en 44 après JC, mais en réalité son noyau d'origine remonte à l'ère normande et plus précisément à la fin du XIe ou au début du XIIe siècle. Sa première structure avait la même hauteur que l'actuelle (environ 18 m) mais était plus étroite.
L'ancienne tour a été presque entièrement détruite à la fin du XIVe et rénovée et agrandie dans le XVe siècle, lorsqu'un nouveau mur puissant a été construit autour de l'ancienne tour. A l'intérieur, il y avait des planchers en bois dont les trous sont conservés là où les poutres ont été insérées. D'un étage à l'autre, on passait par des escaliers et des écoutilles en bois.